南京在颈肩痛治疗方面表现突出的三甲医院推荐如下，分领域综合实力较强：

一、综合类三甲医院推荐

1. 江苏省人民医院

   康复医学科设备齐全，拥有江苏省重点学科16个，国家级临床重点专科1个（康复医学科），在颈肩痛康复治疗领域经验丰富。

2. 东南大学附属中大医院

   康复医学科是国家临床重点专科重症医学科，涵盖骨科、神经内科等多学科协作，适合复杂颈肩痛患者。

3. 南京鼓楼医院

   拥有国家重点学科、临床重点专科29个，康复医学科在脊柱疾病诊疗方面有显著优势。

二、专科医院推荐

1. 江苏省中医院

   麻醉医学科设备先进，擅长颈椎病、软组织损伤等颈肩相关疾病的诊疗，结合中医特色疗法。

2. 南京新世纪中医医院

   引进三维立体复位技术，结合“椎管神经液体冲击疗法”，对腰椎间盘突出、颈椎病有独到疗效。

3. 南京邦德骨科医院

   骨科领域权威机构，JCI认证管理，擅长骨肿瘤、脊柱疾病及软组织损伤的综合治疗。

三、区域特色医院推荐

• 南京军区总医院 ：玄武区知名医院，颈部软组织损伤诊疗经验丰富，综合评分较高。

• 南京医科大学第二附属医院（东院） ：医学技术学省级重点学科，骨科及康复科实力突出。

四、选择建议

• 康复需求 ：优先考虑江苏省人民医院、鼓楼医院等综合类三甲医院的康复科。

• 中医治疗 ：江苏省中医院、新世纪中医医院结合中西医优势。

• 骨科相关 ：邦德骨科医院在骨肿瘤、脊柱疾病方面更具专业性。

建议根据具体症状（如疼痛类型、是否伴随其他疾病等）选择医院，并提前预约挂号。