北京同仁医院亦庄院区与本部（崇文门院区）的主要区别如下：

一、地理位置

• 亦庄院区 ：位于北京市大兴区亦庄开发区荣华南路29号。

• 崇文门院区 ：位于北京市东城区崇文门外大街6号。

二、科室设置与医疗资源

1. 特色科室

   • 亦庄院区设有眼底病科、眼肿瘤科、小儿眼科等专科。

   • 崇文门院区则以青少年近视医疗中心、角膜和外眼病科为核心。

2. 专家资源与设备

   • 崇文门院区是医院总院，90%以上专家在此出诊，检查设备更先进，检查效率更高。

   • 亦庄院区新院区设备先进但专家较少，部分检查需等待时间较长。

三、就诊环境与服务

1. 环境差异

   • 崇文门院区为老院区，部分区域设施较老旧。

   • 亦庄院区新院区环境现代化、管理人性化，但检查室和设备数量较少。

2. 服务差异

   • 崇文门院区日常门诊量较大，分流能力较强。

   • 亦庄院区二期扩建后床位增加至600张，但专家和设备仍在完善中。

四、床位与规模

• 亦庄院区一期占地5万平方米，二期规划3万平方米，总床位数600张。

• 崇文门院区具体规模未明确提及，但提到二期将分流部分门诊量。

五、医保与功能定位

• 两者均为医保定点医院，均可报销。

• 亦庄院区未来将承担更多城南及亦庄地区的疑难杂症会诊功能，崇文门院区则侧重中心服务、国际医疗等。

总结建议

• 选择亦庄院区 ：适合需专科服务（如眼科、小儿科）或偏好新院区环境的患者。

• 选择崇文门院区 ：适合需专家会诊、高强度检查或医保报销的患者。