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根据我国社会保险政策，当单位为员工缴纳职工社保后，农村医保（新农合）会自动停止缴费。具体说明如下：

一、政策依据与账户管理

1. 参保原则

   根据《中华人民共和国社会保险法》规定，我国实行 一人一户、终身一账户 的社保制度，每个人只能拥有一个基本医疗保险账户，因此职工医保与农村医保无法同时参保。

2. 系统自动处理

   全国医保系统联网后，单位为员工缴纳职工医保时，系统会自动暂停该员工的新农合参保资格，无需手动办理停缴手续。

二、不同参保情形的处理方式

1. 外地打工人员

   若员工在异地打工期间单位为其缴纳职工社保，其原户籍地的新农合不会自动停缴，但两者无法同时报销医疗费用。

2. 本地就业人员

   • 停缴新农合 ：单位缴纳职工社保后，需办理新农合的参保注销手续。

   • 待遇衔接 ：若员工达到法定退休年龄，职工医保将替代新农合，继续享受医疗保障。

3. 特殊情况处理

   • 若员工在职工医保参保期间希望继续缴纳新农合，需到户籍所在地社保中心办理变更手续。

   • 若已缴纳职工医保但未办理停缴，系统将拒绝新农合缴费申请。

三、注意事项

• 避免重复参保 ：政策明确禁止重复参保，否则可能导致医疗费用重复报销，影响待遇享受。

• 信息同步更新 ：建议员工及时向单位提供户籍地社保信息，确保参保状态准确。

单位为员工缴纳职工社保后，农村医保会自动停止缴费，但可通过合法途径保留参保资格（如退休后选择职工医保）。