单位为职工缴纳的农村合作医疗保险停保流程如下：

一、办理停保手续

1. 提交申请材料

   携带以下材料至单位人力资源部门或当地社保中心：

   • 身份证原件及复印件

   • 单位出具的《解除劳动合同证明》或《职工养老保险缴纳增减人员登记表》。

2. 单位审核与缴费处理

   • 单位需在停保当月开始停止缴费，并向社保中心提交缴费明细及减员申请。

   • 若职工已参加职工医保，需办理职工医保账户减员手续。

3. 办理停保证明

   社保中心审核通过后，将出具《个人与单位解除劳动合同证明》或《养老保险个人账户减员表》等材料。

二、特殊情况处理

1. 自动暂停机制

   新农合按年度缴费，未缴费则自动暂停下一年度待遇，无需额外申请。

2. 转移至职工医保

   停保后若参加职工医保，需办理转移手续：

   • 提供新单位社保信息（单位名称、银行账号等）；

   • 办理职工医保参保登记，原新农合个人账户资金将并入职工医保账户。

三、注意事项

1. 时间限制

   停保申请需在医疗保险年度结束前提交，逾期可能影响下一年度参保资格。

2. 费用结算

   停保后当年已缴费用不予退还，次年需重新缴费。

3. 咨询渠道

   可通过以下方式咨询：

   • 拨打社保热线12333；

   • 联系单位人事部门；

   • 前往当地社保中心窗口。

四、法律依据

根据《社会保险法》相关规定，职工社保与新型农村合作医疗（新农合）属于不同险种，需分别办理参保或停保手续。