根据城乡居民基本医疗保险（新农合）的相关政策规定，合作医疗中断缴费两年后，将无法再参加下一年度的医保，具体原因如下：

一、缴费与待遇的关联性

1. 按年缴费原则

   基层医疗保险实行“年缴年享”机制，每年9月至12月为集中缴费期，次年1月1日起生效。若连续两年未缴费，则第三年将无法参保，需等到下一缴费期重新参保并缴费后才能享受医保待遇。

2. 断缴后果

   断缴两年后，不仅当年无法报销医疗费用，且第二年需重新参保并缴费，期间产生的医疗费用需自费。

二、特殊情况的处理方式

1. 允许补缴的情况

   • 若中断缴费后未超过2年，可补缴欠费并享受当年医保待遇，但需补缴个人缴费部分（如400元）及政府补贴部分（如670元，具体金额因地区而异）。

   • 补缴后，医保待遇通常需等待30-90天生效。

2. 不可补缴的情况

   • 若中断缴费超过2年，需重新参保并缴费后才能享受医保待遇，且无法追溯补缴。

三、法律依据与建议

• 法律依据 ：《中华人民共和国社会保险法》第二十四条、第二十九条等条款明确规定了医保缴费与待遇享受的关联。

• 建议 ：

  • 若因经济困难无法按时缴费，可咨询当地医保部门了解缓缴政策；

  • 参保前应关注每年9-12月的缴费通知，避免因错过缴费期影响次年待遇。

合作医疗中断缴费两年后无法再参保，需等待下一年重新缴费。建议及时关注政策动态，确保参保权益。