根据搜索材料和相关信息，以下是2025年江苏南京治疗头痛比较好的医院推荐：

1. 1.南京医科大学附属明基医院该医院在2024年获评中国研究型医院学会“头痛中心”，标志着其在头痛诊疗方面的专业性和权威性。医院神经内科汇集了多学科专家，提供先进的头痛诊疗技术和方案。
2. 2.南京脑康中医院这是一家专注于头痛治疗的医院，提供针对性诊断和治疗。医院设有头痛门诊，并提供物理磁疗法、局部冷(热)敷、吸氧等非药物物理治疗。
3. 3.南京医科大学第一附属医院（江苏省人民医院）该医院在头痛治疗方面有丰富的经验和专业的医疗团队，位列全国医院综合实力排行榜第22位
4. 4.南京鼓楼医院作为中国最早的西医院之一，南京鼓楼医院在头痛治疗方面也有很高的声誉，位列全国医院综合实力排行榜第38位
5. 5.东南大学附属中大医院这家医院在神经内科疾病治疗方面口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备，位列全国医院综合实力排行榜第58位
6. 6.东部战区总医院这是一家历史悠久的大型现代化综合三甲医院，在神经内科疾病治疗方面经验丰富
7. 7.南京脑科医院该医院在神经、精神和胸部疾病的医疗、康复、预防、教学、科研和司法鉴定等方面具有很强的实力

这些医院在头痛治疗方面都有较高的专业水平和丰富的经验，您可以根据自己的具体需求和地理位置选择合适的医院进行就诊。