小儿功能性消化不良没有绝对的吃什么药好得最快最有效，通常可根据症状选择以下几类药物：
- 促胃肠动力药：
- 多潘立酮：可增加胃肠道的蠕动和张力，促进胃排空，改善消化不良症状。适用于以腹胀、早饱、恶心、呕吐为主要症状的患儿。一般每日按体重 0.3 - 0.6mg/kg，分 3 - 4 次饭前半小时服用。
- 莫沙必利：为选择性 5 - 羟色胺受体激动剂，能促进乙酰胆碱的释放，刺激胃肠道而发挥促动力作用，从而改善功能性消化不良患者的胃肠道症状。儿童使用时需根据体重调整剂量，一般每日每公斤体重 0.1 - 0.2mg，分 3 次服用。
- 助消化药：
- 胃蛋白酶合剂：含有胃蛋白酶、稀盐酸等成分，能帮助消化蛋白质，适用于缺乏胃蛋白酶或胃酸过低引起的消化不良。儿童剂量需根据年龄和病情调整，一般每次 1 - 2ml/kg，每日 3 次，饭前或饭时服用。
- 多酶片：含有胃蛋白酶、胰蛋白酶、胰淀粉酶和胰脂肪酶等多种酶成分，可用于治疗消化不良、食欲缺乏。不同年龄段儿童用量不同，一般 5 岁以下儿童每次半片，5 岁以上儿童每次 1 片，每日 3 次，饭前服用。
- 复方阿嗪米特肠溶片：不仅含有消化酶，还含有二甲硅油，可消除胃肠道内的气体，改善腹胀症状。适用于儿童消化不良伴有腹胀的情况。儿童服用时需根据体重酌减，一般每日每公斤体重 1 - 2 片，分 3 次餐后服用。
- 益生菌：
- 双歧杆菌四联活菌片：可调节肠道菌群，改善肠道微生态环境，促进肠道正常蠕动和消化吸收。适用于肠道菌群失调引起的消化不良。儿童一般每次 1 - 2 片，每日 3 次，饭后半小时用温水送服。
- 枯草杆菌二联活菌颗粒：含有肠球菌和枯草杆菌两种活菌，以及多种维生素和微量元素，能调节肠道菌群，促进消化吸收。不同年龄段儿童用量有所不同，一般 1 岁以下儿童每次半包，1 - 2 岁儿童每次 1 包，2 岁以上儿童每次 1 - 2 包，每日 2 次，用 40℃以下温水或牛奶冲服。
一些中成药也可用于小儿功能性消化不良，如健胃消食片、醒脾养儿颗粒等，具有健脾益胃、消食化积的作用。在使用药物治疗小儿功能性消化不良时，应先咨询医生或药师，根据患儿的具体情况选择合适的药物，并严格按照医嘱用药。还应注意调整患儿的饮食习惯，规律进餐，避免暴饮暴食，少吃油腻、辛辣、刺激性食物。
