在内蒙古巴彦淖尔，治疗腹痛伴呕吐的医院中，以下几家医院是比较好的选择：

1. 1.巴彦淖尔市医院：综合实力：巴彦淖尔市医院是当地一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复为一体的大型三级甲等综合医院专家资源：医院拥有多位在消化系统疾病方面有丰富经验的专家。例如，单慧明主任是消化内科主任，擅长消化系统常见病、多发病的治疗，尤其在消化内镜诊治方面经验丰富。服务项目：医院常年开展无痛胃肠镜检查与治疗，并提供高难度的内镜手术，如ERCP、ESD、EVL、ESVD等。
2. 2.巴彦淖尔市中医医院：专家邀请：医院定期邀请北京大学第一医院普外科教授张澜波进行出诊、手术和教学。这为患者提供了优质的医疗资源和专家服务。中医特色：作为一家三级甲等中医综合医院，医院在中医治疗方面也有独特的优势。
3. 3.临河区安海旭中医诊所：专科特色：该诊所专注于肠梗阻等消化系统疾病的治疗
4. 4.其他推荐：五原县人民医院：作为一所二级甲等综合性医院，医院设备精良，技术力量雄厚临河市妇幼保健院：虽然主要面向妇幼保健，但在消化系统疾病的治疗上也有一定的经验

巴彦淖尔市医院和巴彦淖尔市中医医院是治疗腹痛伴呕吐的较好选择，特别是对于需要高水平医疗服务和专家诊治的患者。如果患者有特定的疾病需求，如肠梗阻，可以考虑临河区安海旭中医诊所。