根据2025年最新信息，江西省在呼吸疾病治疗领域具有较高水平的医院主要包括以下机构：

一、国家级重点专科建设医院

1. 中日友好医院江西医院（国家区域医疗中心）

   • 位于南昌市，占地120亩，开放床位1000张，是江西省唯一的国家区域医疗中心。

   • 拥有呼吸与危重症医学科等17个国家临床重点专科，是国家呼吸医学中心及国家呼吸系统疾病临床医学研究中心。

2. 鹰潭市人民医院

   • 肺癌科、呼吸内科等科室获批2023-2025年第一批省级临床重点专科建设项目。

二、三级甲等综合医院

• 南昌大学第一附属医院

  全国首批三级甲等医院，拥有呼吸与危重症医学科等9个国家临床重点专科，是省内唯一连续七年入选复旦版中国医院百强的医疗机构。

三、其他相关机构

• 鹰潭市人民医院

  除上述专科外，还包含重症医学科等9个国家临床重点专科，具备全面的呼吸疾病诊疗能力。

四、区域医疗中心协同网络

• 国家区域医疗中心（中日友好医院江西医院）将带动南昌及周边地区的呼吸疾病诊疗水平提升，形成辐射效应。

总结

若需优先选择， 中日友好医院江西医院 因国家级重点专科数量多、综合实力强，是治疗呼吸困难的优选； 南昌大学第一附属医院 则依托三级甲等综合医院优势，提供高水平的专科服务。其他医院如鹰潭市人民医院在省级重点专科建设方面也有显著进展，可根据地理位置和具体需求选择。