慢性尿道综合征的形成原因较为复杂，通常是多种因素共同作用的结果，主要包括以下几个方面：

• 尿道局部因素
  • 解剖异常：尿道外口距离阴道口过近、尿道肉阜、尿道狭窄、尿道瓣膜、尿道黏膜脱垂、尿道周围组织纤维化等尿道器质性因素，可能导致尿道梗阻或尿液排出不畅，使细菌容易滋生和繁殖，增加尿道感染的风险，进而引发慢性尿道综合征。
  • 轻微感染：某些轻微的尿道感染可能不导致明显的菌尿，但会引起尿道刺激症状。现有的检验设备可能无法检出这些感染，而排尿异常又降低了膀胱尿道的自洁能力，容易激发尿道感染，长期反复感染可发展为慢性尿道综合征。
• 神经功能异常：膀胱逼尿肌和括约肌的协调失常、膀胱过度活动，或者由于神经受损导致的尿道功能异常，都可能影响尿液的正常排出和尿道的功能，从而引发慢性尿道综合征。例如，损伤、感染、X 线照射等引起尿道内纤维组织增生，可使神经发生异常反射，导致尿道综合征的症状。
• 精神因素：紧张、焦虑、多虑、敏感等精神状态是尿道综合征的隐患因素，也可能是该病的结果，两者往往形成恶性循环。长期的精神压力可能导致植物神经功能紊乱，影响膀胱和尿道的正常功能，出现尿频、尿急等症状。
• 雌激素水平下降：多见于绝经后的女性，雌激素缺乏会引起尿道及膀胱三角区黏膜及黏膜下组织萎缩、充血或脱落。雌激素水平降低后，阴道的自洁能力降低，也增加了尿路感染的机会，这些因素都可能促使慢性尿道综合征的发生。