三年以上往来款清理规定主要涉及以下几个方面：

1. 分类管理 ：企业应将往来款项进行分类，包括应收账款和应付账款。应收账款是企业向客户销售商品或提供服务后尚未收到款项的金额，应付账款是企业向供应商购买商品或接受服务后尚未支付的金额。企业需要将这些款项按照日期归类，并为每一笔款项进行详细记录。

2. 清理核实 ：企业应对已经超过三年的往来款项进行核实和清理。对于应收款项，企业应与客户进行联系，核实款项的真实性和清偿意愿，如果客户无法清偿，企业应考虑采取相应的法律手段进行追偿。对于应付款项，企业应与供应商进行核实，并与其协商解决长期未付款的情况。

3. 凭证归档 ：企业还应对往来款项的凭证等相关资料进行归档保存。这些资料的保存时间应符合中国的相关规定，以备核查和审计之用。

4. 坏账处理 ：根据企业资产损失所得税税前扣除管理办法的规定，企业逾期三年以上的应收款项在会计上已作为损失处理的，可以作为坏账损失，但应说明情况，并出具专项报告。其他收入包括确实无法偿付的应付款项、已作坏账损失处理后又收回的应收款项。

5. 税前扣除 ：企业逾期三年以上的应收款项可以税前扣除，需提供相关证明文件。

6. 呆死账处理 ：根据新会计制度规定，超过三年未收回的往来账款，可做为呆死帐处理。呆死帐的账务处理需要财务部门收集相关证据，报请董事会或类似机构批准后进行账务处理。

7. 内部审批 ：对往来款项清理后，如果存在应收及预付款项收不回来的情况，应依据相关证据材料，详细说明该笔款项形成的时点、原因，以及拟确认为坏账的原因等，履行公司内部核销坏账损失的审批手续，及时作为损失处理。

三年以上往来款清理规定是中国企业进行财务管理时必须遵守的规定。这一规定对于保障账目的准确性、加强往来款项的管理以及维护企业的合规性非常重要。企业应定期对往来款项进行分类、核实和清理，并按照相关法律和会计制度进行坏账处理和税前扣除，以确保财务管理的规范性和透明度。