理疗店最怕查的证件主要包括以下几项：

1. 工商营业执照 ：这是合法经营的基本证件，也是法人或经营者的身份凭证。没有营业执照就属于无证经营，一旦被查处，将面临罚款甚至刑事责任。

2. 卫生许可证 ：由于理疗店属于服务型行业，对卫生安全有较高要求。没有卫生许可证，理疗店将无法获得营业执照，并且可能受到行政处罚。

3. 美容经营许可证 ：这是合法经营的重要依据，证明其具备一定的经营条件和资质，包括场所卫生安全、从业人员的专业技能等。

4. 职业技能资格证书 ：从业人员需要取得相应的职业技能资格证书，以证明其具备专业的技能和知识，保障服务质量和消费者权益。

5. 消防安全检查合格证 ：理疗店作为人员密集场所，必须符合消防安全规定，取得消防安全检查合格证，以确保顾客和员工的安全。

6. 税务登记证 ：在取得营业执照后，需要到税务局办理税务登记手续，这是纳税的法定凭证。

7. 身份证明和职业状况证明 ：申请人应提供本人身份证，以及职业状况证明，比如是否待业、是否离休、退职等。

8. 经营场地证明 ：需要提供租房协议书、产权证明、居改非的证明等。

9. 从业人员健康证 ：理疗店的工作人员需要持有健康证，以证明他们身体健康，没有传染性疾病。

建议：

• 确保所有证件齐全 ：理疗店在开业前应确保所有必要的证件都已办理齐全，以避免因证件缺失而面临处罚。

• 定期更新证件 ：证件的有效期需要定期检查并更新，确保始终符合最新的法规要求。

• 咨询专业人士 ：在办理证件的过程中，可以咨询专业的律师或中介机构，以确保所有手续的合法性和完整性。