药店不能刷医保的原因主要有以下几种：

1. 药店不是医保定点药店 ：使用医保卡购药的前提是必须在医保的定点药店使用，否则只能选择自费或更换药店。

2. 医保个人账户没有余额 ：在定点药店购药时，需要确保医保个人账户中有足够的余额，否则无法使用医保卡支付。

3. 所购药品不在医保目录范围内 ：医保报销药品是有范围的，并非任何药品都可以通过医保卡购买。可以在当地医疗保障网站查询医保药品目录或向药店工作人员进行问询。

4. 参保城乡居民医保不具有个人账户 ：职工医保分为统筹账户和个人账户，而城乡居民医保则没有个人账户，居民个人缴纳的基本医疗保险费全部纳入统筹账户。

5. 药店未与医保机构签订合作协议或未满足资质要求 ：有些药店可能未与医保机构签订合作协议或未满足资质要求，导致无法使用医保卡支付。

6. 药品价格超过医保支付限额 ：有些药品的价格可能超过医保的支付限额，导致无法使用医保卡支付。

7. 地区基础设施和服务水平限制 ：在一些偏远地区或经济欠发达地区，由于基础设施和服务水平限制，可能无法实现医保卡在药店刷卡支付的功能。

8. 药店违规操作 ：有些药店可能通过违规操作，如卖药套取医保卡的钱，导致部分药品无法使用医保卡支付。

药店不能刷医保的原因多种多样，建议参保人在购药前仔细了解相关规定，确保在医保定点药店购买药品，并注意医保账户的余额和药品是否在医保目录范围内。