塔里木河和库尔勒市的孔雀河等水域是有鱼的。
塔里木河流域有多种鱼类生存,比如塔里木裂腹鱼、叶尔羌高原鳅、扁吻鱼等。其中,塔里木裂腹鱼是新疆特有的鲤科裂腹鱼属鱼类,仅少量分布于塔里木河流域的部分水系中。叶尔羌高原鳅俗称 “狗头鱼”,是塔里木河流域特有的土著鱼,属洄游性鱼类,过去因多种因素种群数量锐减,近年来通过增殖放流,在塔里木河干流中的数量有所增加。扁吻鱼又称新疆大头鱼,是国家一级重点保护水生野生动物,仅分布于塔里木河水系,经过多年的增殖放流,在博斯腾湖已形成了一定种群。
库尔勒市的孔雀河、杜鹃河等水域也有鱼类。孔雀河中有鲫鱼、鲤鱼、草鱼、黑鱼、鲶鱼等常见鱼类,也有乔尔泰(新疆人叫狗鱼)等肉食性鱼类。杜鹃河横穿库尔勒市,里面有当地乔尔泰鱼、五道黑、鲫鱼、鲤鱼等,个体相对较小。