根据新农合的报销规则和相关政策，已缴费但未入库的情况将影响报销。具体说明如下：

一、缴费与报销的关联性

1. 缴费是报销的前提

   新农合采用“一年一缴”的缴费机制，未完成当年缴费的年份将无法享受下一年的报销待遇。若缴费未成功或未入库，系统将无法识别参保状态，导致医疗费用无法报销。

2. 缴费未入库的后果

   若通过银行、村集体等方式缴费但资金未成功入库，实际参保状态仍为“未参保”，所有医疗费用需自费。

二、特殊情况处理

1. 补缴后报销

   若缴费未入库但后续补缴成功，需提供补缴凭证，可申请补记缴费记录。部分地区允许补缴后继续享受当年度报销，但需符合“以收定支”的原则，即报销额度不超过当年实际支出。

2. 未参保期间的医疗费用

   若当年未缴费且未补缴，次年需重新参保，医疗费用将无法报销。

三、建议与注意事项

1. 缴费后查询

   缴费后建议通过当地社保部门或村集体确认缴费是否成功入库，避免因操作问题导致未参保。

2. 及时处理异常情况

   若发现缴费未入库，应立即联系当地社保部门或银行处理异常，避免影响次年报销。

3. 避免重复缴费

   若因缴费渠道问题重复缴费，需联系缴费机构核实并取消重复记录，否则可能影响后续报销。

总结

新农合报销与缴费状态直接相关，未入库的缴费将导致无法报销。建议每年缴费后及时确认缴费状态，并妥善保管缴费凭证，以确保医疗保障权益。