在南京，有几家医院在甲状腺疾病的治疗方面有很高的专业水平和丰富的经验，以下是一些推荐的医院：

1. 南京医科大学第一附属医院：

   • 普通外科熟悉甲状腺外科常见病、多发病、疑难病的诊治2。
   • 尤其在治疗甲状舌骨囊肿、化脓性甲状腺炎、亚急性甲状腺炎、慢性甲状腺炎、甲状腺结节、甲状旁腺结节、甲状腺癌、甲状腺功能亢进等方面具有显著优势7。
   • 是国家临床重点专科建设单位6。

2. 南京鼓楼医院：

   • 普通外科是国家重点学科、首批国家临床重点专科、江苏省医学重点学科、江苏省临床重点专科6。
   • 开展规范性的甲状腺、甲状旁腺手术，腔镜（辅助）下甲状腺、甲状旁腺手术等7。
   • 在治疗甲状腺方面有着丰富的经验7。

3. 东南大学附属中大医院：

   • 普通外科是全国首批硕士学位授予单位6。
   • 对甲状腺肿瘤采用微创术式，具有效果好、切口美观、并发症少的特点7。

4. 江苏省人民医院：

   • 普通外科是国家临床重点专科建设单位、江苏省重点学科、江苏省临床重点专科6。
   • 学科是全国最先开始专业分组及的分组最细化单位之一，目前有肝脏、胰腺、乳腺、胃、结直肠、甲状腺、腹壁疝、胆道、血管和代谢外科专业6。

5. 东部战区总医院：

   • 普通外科系国家和江苏省重点学科、军队“重中之重”学科，为国内最大的普通外科之一6。
   • 科室按病种开展医疗工作，目前有肠瘘与腹腔感染、炎症性肠病、重症急性胰腺炎、临床营养支持、顽固性便秘、胃肠肿瘤、甲状腺疾病等10多个医疗组6。

6. 南京市第一医院：

   • 甲乳外科拥有高分辨率数字化乳腺钼靶摄像检查仪，核医学（SPECT-PET)肿瘤定位显像诊疗设备，高清晰乳管镜检查仪等设备6。
   • 重点开展改良甲状腺癌的根治术6。

7. 南京市第二医院：

   • 甲乳疝外科，可开展甲状腺恶性肿瘤的手术治疗，内分泌治疗等6。
   • 在甲状腺癌规范治疗，甲状腺癌微创治疗，尤其是腔镜辅助下颈淋巴结清扫术开展大量工作6。

8. 江苏省中西医结合医院：

   • 甲状腺乳腺外科为省重点专科，是国家及江苏省住院医师规范化培训基地6。
   • 科室拥有国内最先进的喉返神经监测仪、真空负压乳腺肿瘤微创旋切系统等先进的医疗设备6。

这些医院在甲状腺疾病的诊断和治疗方面都有很高的专业水平和丰富的经验，您可以根据自己的具体情况选择合适的医院就诊。如果有需要，您也可以提前与医院的医生进行沟通，了解更多关于治疗方案和预约挂号的信息。