报销金额和付款金额不一致的情况在企业财务处理中是有可能遇到的问题。根据相关法律法规以及实务操作指南，我们可以得出以下结论：

当发票金额大于实际支付金额时，应按照实际支付金额进行入账或报销。这是因为报销的基础是实际发生的费用，超出实际支付部分的发票金额不应被计入报销范畴。例如，如果一张发票上的金额为100元，而实际支付了90元，则报销时应当以90元为准，并在发票上注明实际报销的数额。

如果发票金额小于实际支付金额，则需要补充相应的发票金额才能进行报销。这意味着您可能需要与供应商沟通，要求其提供额外的发票来覆盖全部的实际支出。这一步骤是为了确保报销的完整性和合规性，防止因发票金额不足而导致的财务风险。

对于专用发票而言，如果实际付款比增值税发票上的金额多，会计分录将涉及借记库存商品（原材料、管理费用等）、应交税金-应交增值税（进项税）及预付账款（应收账款等），同时贷记银行存款；反之，若实际付款少于发票金额，则需补足发票，并做出相应的会计调整。

值得注意的是，《中华人民共和国发票管理办法》明确规定，不符合规定的发票不得作为财务报销凭证，任何单位和个人有权拒收。因此，在处理发票金额与付款金额不一致的问题时，必须确保发票的合法性和准确性。

在实际情况中，有时会存在发票金额略大于报销金额的情形，比如使用100元的发票报销90元的情况，这通常被视为符合规定的行为。但这种做法的前提是差异不大且有合理的解释说明。

最后，为了避免出现上述问题，企业在日常管理中应加强对采购项目的金额审核，避免故意多开发票的现象发生。同时，企业内部也应建立完善的审批流程，确保所有报销事项都有据可依，减少人为错误的发生。

虽然在某些情况下允许发票金额略大于报销金额，但在大多数情况下，报销金额应当严格依据实际支付金额来进行。遇到特殊情况时，务必做好书面说明并附上相关证明材料，以保证整个报销过程的透明度和合法性。同时，遵守《中华人民共和国发票管理办法》等相关法律法规的要求，确保企业的财务活动合法合规。