2005 年水利部水土保持司发布了《关于开发建设项目水土保持咨询服务费用计列的指导意见》（保监〔2005〕22 号），对开发建设项目水土保持方案编制、监理、监测、设施验收技术评估报告编制和技术文件技术咨询服务等费用计列提出了指导意见。具体内容如下：
- 水土保持方案编制费：根据国家计委、建设部关于发布《〈工程勘察设计收费管理规定〉的通知》（计价格〔2002〕10 号）的规定，初步设计和施工图阶段的水土保持勘测设计费按该文件执行。可行性研究阶段的开发建设项目水土保持方案编制费根据主体工程土建投资不同而有所差异，如主体工程土建投资 0.5 亿元时，水土保持方案编制费为 30 万元；1 亿元时为 52 万元；10 亿元时为 171 万元等。
- 水土保持监理费：根据《国家发展和改革委员会办公厅、建设部办公厅关于印发修订建设监理与咨询服务收费标准的工作方案的通知》（发改办价格〔2005〕632 号），国家发改委与建设部将共同开展建设监理收费标准的制定工作，水土保持监理收费应按新标准计列。新标准未颁布前，可参考主体工程现有标准执行。
- 水土保持监测费：包括监测设施费和施工期监测费。其中，水土保持监测设施费在水土保持工程措施费中计列，施工期监测费根据主体工程土建投资参考相关标准计列，如主体工程土建投资 0.5 亿元时，施工期监测费为 30 万元；1 亿元时为 60 万元；10 亿元时为 420 万元等。同时，地貌类型调整系数山区为 1.2，丘陵及风沙区为 1.0，平原区为 0.8。
- 水土保持设施竣工验收技术评估报告编制费：根据《开发建设项目水土保持设施验收管理办法》（水利部第 16 号令）规定，开发建设项目竣工验收阶段，建设单位应委托水行政主管部门认定的咨询评估单位编制《水土保持设施竣工验收技术评估报告》，其费用根据主体工程土建投资参考相关标准计列，如主体工程土建投资 0.5 亿元时，技术评估报告编制费为 10 万元；1 亿元时为 18 万元；10 亿元时为 78 万元等。
- 水土保持技术文件技术咨询服务费：可参考相关文件标准计列，但文件中未明确给出具体标准。
需要注意的是，该指导意见已于 2014 年废止。目前，各地执行的是国家发展改革委、财政部、水利部印发的《关于水土保持补偿费收费标准（试行）的通知》（发改价格〔2014〕886 号）以及各省、自治区、直辖市据此制定的具体收费标准。
