根据搜索结果，2025年上海在消化系统疾病（包括消化不良）治疗方面具有较高水平的医院推荐如下：

一、综合医院推荐

1. 上海仁济医院

   • 三级甲等综合性医院，胃肠功能性疾病诊疗经验丰富，消化系统疾病诊断与治疗技术领先。

2. 上海瑞金医院

   • 国内消化内科领域标杆机构，采用先进设备和技术，对功能性消化不良的精准诊断和个性化治疗有突出优势。

3. 上海长海医院

   • 以中西医结合为特色，结合传统中药与现代技术，提升消化系统疾病管理效果。

4. 上海中山医院

   • 胃病诊疗权威医院，擅长胃镜检查与个体化治疗方案，结合中西医优势优化患者管理。

二、专科医院推荐

1. 上海儿童医院（闵行区）

   • 小儿消化不良治疗专业机构，提供儿童专用诊疗方案和全程管理服务。

2. 上海公共卫生中心（金山医院）

   • 三级综合医院，消化内科在区域内有较高知名度，复旦版综合排名进入前100名。

三、其他推荐医院

• 华东医院 ：重点综合性三甲医院，肠胃科在胃炎、溃疡等疾病治疗经验丰富，注重中西医结合。

• 曙光医院 ：中医医院，消化内科提供中医调理与西医结合的诊疗模式。

四、选择建议

• 症状类型 ：

  • 成人消化不良可优先考虑仁济、瑞金等综合医院；

  • 儿童患者建议前往儿童医院；

  • 中医需求可结合曙光医院等中医资源。

• 治疗方向 ：

  • 西医治疗推荐瑞金、长海等医院；

  • 中医调理可结合中山医院等医院的中西医结合特色。

以上推荐综合了医院等级、专业领域及治疗特色，具体选择可根据患者需求进一步确认。