根据搜索结果，2025年上海在吞咽困难治疗方面具有专业能力的医院主要包括以下几家，分类整理如下：

一、综合类医院及康复专科医院

1. 上海市瑞金康复医院

   • 前身为卢湾区医院，成立于1957年，2018年转型为康复专科医院，提供康复医学为主、多学科协同的综合性服务，吞咽障碍康复是其重点科室之一。

2. 上海交通大学附属第一人民医院松江南院

   • 三级综合医院，拥有100个科室和932位医生，设有消化内科等科室，可提供吞咽障碍相关的评估与治疗。

3. 上海浦东医院

   • 三级综合医院康复科曾成功为脑梗死后吞咽功能障碍患者拔除胃管，具备吞咽障碍评估与康复训练能力。

二、专科医院及专科科室

4. 上海金城护理院

   • 专注于吞咽障碍老人的康复护理，提供专业照护服务，帮助改善老年人的饮食摄入和生活质量。

5. 上海虹口区咽疾病医院

   • 根据好大夫在线推荐，作为咽疾病专业医院，提供吞咽障碍的诊断与治疗服务。

三、其他相关机构

• 上海市松江畸形性吞咽困难医院排行榜 ：松江南院在吞咽障碍治疗中具有较高评分，但需注意该信息来源权威性较低，建议通过正规渠道核实。

四、选择建议

• 综合类医院 适合需要多学科协作的复杂病例；

• 康复专科医院 （如瑞金康复医院）在吞咽障碍康复训练方面更具专业性；

• 专科医院 （如金城护理院）则侧重长期照护；

• 建议根据病情严重程度、是否需要多学科评估及经济条件选择合适机构，并提前通过医院官网或预约平台确认科室设置及专家排班。

（注：部分医院信息为综合类医院的相关科室，需结合具体需求判断是否满足吞咽障碍治疗需求。）