灵活就业医保和新农合的区别主要体现在以下几个方面：
- 针对对象不同 ：
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灵活就业医保 ：主要针对未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员，以及其他就业人员和个体工商户等。
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新农合 ：主要针对农村户籍居民及流动人口，由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。
- 保障范围不同 ：
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灵活就业医保 ：保障范围广泛，包括基本医疗保险、工伤保险、生育保险和失业保险等多个方面。
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新农合 ：保障范围较窄，主要包括基本医疗保险和大病保险。
- 缴费标准不同 ：
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灵活就业医保 ：缴费标准相对较低，一般是按照参保人员的收入来确定的，例如北京市灵活就业医保的缴费标准是按照月收入的1.5%来确定的。
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新农合 ：缴费标准也相对较低，一般按照收入的一定比例或固定金额缴纳，例如北京市为月收入的3%。
- 参保期限不同 ：
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灵活就业医保 ：参保期限灵活，可根据需求选择不同时间段，例如北京市灵活就业医保的参保期限可以选择1个月、3个月、6个月、1年、2年或者3年等。
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新农合 ：参保期限较为固定，通常按年度计算。
- 报销比例不同 ：
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灵活就业医保 ：报销比例较高，一般在70%—90%之间。
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新农合 ：报销比例较低，一般在50%—70%之间，且在不同地区有所差异。
- 使用范围不同 ：
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灵活就业医保 ：可以用于挂号、看病就医、药店买药、住院治疗报销等。
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新农合 ：目前在多个城市只有住院才能报销，少部分城市看病就诊也可以报销。
- 其他差异 ：
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灵活就业医保 ：有个人账户，个人账户里的钱可以在定点的药店购买相关的药品或医疗器材，累计缴满25年之后还可以终身享受医保待遇。
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新农合 ：没有个人账户，缴费少，报销额度低，没有退休政策，终身需要缴费。
综合以上几点，灵活就业医保和新农合在保障对象、保障范围、缴费标准、参保期限、报销比例和使用范围等方面存在显著差异。建议根据个人实际情况和需求选择合适的医疗保险制度。
