湖北神农架之所以被列为禁区，主要原因包括以下几点：

1. 地理位置的特殊性 ：神农架位于鄂西北边陲，地形复杂，山高谷深。这里不仅是长江与汉水的分水岭，也是亚热带与暖温带的过渡地带。由于其特殊的地理位置，神农架在历史上曾多次成为军事要地，出于军事战略考虑，神农架深处长期对外界保持封闭状态。

2. 生态保护的需要 ：神农架是我国重要的生物基因库，拥有丰富的生态系统和大量珍稀濒危动植物。为了保护这些珍贵的生态资源，1982年，国家在神农架设立了自然保护区，并严格限制人类活动，以确保生态系统的完整性和物种的多样性。

3. 科研需求的考虑 ：神农架被称为“自然博物馆”和“天然基因库”，其独特的生态环境为科研工作提供了宝贵的素材。为了不受外界干扰，确保科研工作的顺利进行，有些区域也被设为禁区。

4. 文化遗产的保护 ：神农架不仅自然资源丰富，文化底蕴也十分深厚。这里是传说中神农氏尝百草的地方，也是屈原笔下“山中人”的故乡。为了保护这些文化遗产，限制人类进入也是必要的措施。

5. 地理与气候条件的限制 ：神农架的地形复杂多变，有高山、峡谷、悬崖峭壁、深沟险壑等，地势起伏大，存在大量人迹罕至的区域。此外，神农架的气候条件独特，天气复杂多变，局部地区可能瞬间出现暴雨、大雾、大风等恶劣天气，增加了进入该区域的风险。

综上所述，神农架深处被列为禁区，主要是出于生态保护、科研需求、文化遗产保护以及地理与气候条件等多方面的考虑。这些措施旨在确保神农架的自然资源和生态系统得以完整保存，同时保障人类的安全。