灵活就业医保在异地药店不能使用的原因主要有以下几点：

1. 属地化管理原则 ：我国的医疗保险实行属地化管理，灵活就业人员通常需要在户籍所在地或居住地缴纳医保。因此，当灵活就业人员离开本地到外地时，他们的医保关系被视为异地医保。

2. 个人账户问题 ：许多地方的灵活就业人员医保只有统筹账户而没有个人账户，这意味着个人账户中不入钱。因此，在药店买药时，灵活就业人员无法刷卡支付，也不能享受报销。

3. 药店报销范围 ：即使灵活就业人员的医保有个人账户，但如果所去的药店没有纳入医疗机构的门诊报销范围内，那么在这些药店买药也不能刷卡报销。

4. 药品报销范围 ：参保者购买的药品如果不在医保报销范围内，那么在药店购药时也不能刷卡报销。

5. 政策实施情况 ：虽然国家医保局已经要求各地做好医保关系转移接续工作，并为跨省就医提供便利，但异地医保支付政策的全面落地仍需时间，且在不同地区的实施情况可能存在差异。

6. 户籍限制 ：之前，非本地户籍的灵活就业人员在常住地或就业地参加基本医疗保险存在户籍限制。虽然最新政策已经放开这一限制，但政策的具体落实情况仍需观察。

建议

1. 了解当地政策 ：灵活就业人员应详细了解当地的医保政策，包括异地医保支付的具体规定和流程。

2. 选择合适的药店 ：在异地就医时，选择纳入医保报销范围的药店，以确保能够刷卡支付和享受报销。

3. 及时转移医保关系 ：如果灵活就业人员需要在异地长期居住或工作，应及时办理医保关系的转移接续，以确保医保权益的连续享受。

4. 关注政策动态 ：密切关注国家医保局的最新政策动态，了解异地医保支付政策的最新进展和实施情况，以便及时调整自己的医保安排。