灵活就业医保卡没有钱的原因主要有以下几点：

1. 选择低缴费档次 ：灵活就业人员在缴纳医保时，可以选择低档次或高档次。低档次缴费比例较低，通常在4%左右，且不会建立医保个人账户，因此不会往医保卡里返款。

2. 未及时补缴保险费用 ：如果灵活就业人员未能在规定的时间内及时补缴医保费用，会导致医保卡内没有资金。

3. 职工医保未生效 ：有些地区规定灵活就业人员缴纳的职工医疗保险需要六个月后才能生效，在这之前，医保卡内不会有钱。

4. 信息不一致或无法识别 ：个人信息与医保系统中的信息不一致，例如户籍变更、档案迁移等，可能导致医保卡无法识别个人身份和缴费情况，从而无法显示医保卡余额。

5. 医保结算流程问题 ：部分地区或医疗机构在医保结算过程中存在故障或系统漏洞，可能导致医保卡内没有资金。

6. 未参加职工医保 ：有些灵活就业人员可能选择参加的是非职工基本医疗保险，这类保险没有医保个人账户，因此医保卡里不会有钱。

7. 缴费金额不足 ：有些地方规定只有缴纳了一定金额的医保费用后，医保卡才会按照一定比例划入资金。如果缴纳的金额不够多或时间不够长，医保卡上就可能没钱。

综上所述，灵活就业医保卡没有钱的原因多种多样，建议灵活就业人员了解当地的具体医保政策，选择合适的缴费档次，并及时缴纳医保费用，以确保医保待遇不受影响。