新农合（新型农村合作医疗）的住院报销 是在医院进行的 。具体流程如下：

1. 住院手续 ：患者在办理住院手续时，需要向医院出示自己的新农合医疗证或卡，并进行登记。

2. 费用结算 ：在住院期间，患者应妥善保管好所有的医疗费用凭证，包括病历、诊断证明、费用清单、发票等，这些凭证是后续报销的重要依据。在出院时，患者需要前往医院的新农合结算窗口进行结算。医院会根据新农合的报销方案，对患者的医疗费用进行核算，并扣除可报销的部分。患者只需支付个人自付的费用，这部分费用通常包括起付线以下的费用、超出报销比例的费用以及不在报销范围内的费用。

3. 报销比例 ：新农合在医院的报销比例因多种因素而异，包括医疗机构的级别、地区差异以及具体的医疗费用类型等。例如，一级医疗机构（如乡镇卫生院）的政策范围内报销比例可达90%左右，二级医疗机构（如县级医院）通常可达80%左右，三级医疗机构（如市级及以上医院）一般在60%左右。

4. 异地就医 ：如果是外地就医，患者需要在省级定点医疗机构开具转院证明，并在出院后一定时间内将相关报销材料提交给户籍所在地的乡镇合管办，以便进行报销。

综上所述，新农合住院报销是在医院进行的，患者只需支付个人自付部分费用，其他报销部分由医院与医保部门直接结算。建议患者在住院期间妥善保管好所有相关凭证，并在出院时及时办理报销手续。