全国消化外科最好的医院排名如下：

1. 四川大学华西医院

• 复旦排名 ：全国胃肠外科第3名

• 上榜理由 ：四川大学华西医院胃肠外科在复旦版医院专科榜中全国排名第3，具有很高的学术地位和临床实力。

2. 华中科技大学同济医学院附属同济医院

• 复旦排名 ：全国胃肠外科第6名

• 上榜理由 ：该医院的胃肠外科是同济医院最早成立的专科，是国家首批重点学科普外科和卫生部国家临床重点专科普外科的重要组成部分，具有国内较早的专科招收博士点单位之一，是华中地区乃至全国具有特色和处于领先地位的学科。

3. 海军军医大学第一附属医院（长海医院）

• 复旦排名 ：全国消化内科第3名

• 上榜理由 ：长海医院消化内科在胆胰疾病的内镜微创治疗领域成绩斐然，率先在国际上建立四项胰腺癌内镜诊疗新技术，并在国内最早开展慢性胰腺炎胰管结石体外震波碎石术和重症急性胰腺炎早期脏器功能支持与后期并发症微创治疗新技术，急慢性胰腺炎诊治水平位居国内前沿。

4. 上海交通大学医学院附属仁济医院

• 复旦排名 ：全国消化内科第1名

• 上榜理由 ：仁济医院消化内科是卫生部消化内科重点实验室和上海市消化内科临床质量控制中心，同时还是中华医学会消化病学分会官方网站《中华消化网》的承担单位，具有很高的学术地位和临床实力。

5. 中国医学科学院北京协和医院

• 复旦排名 ：全国消化内科第2名

• 上榜理由 ：北京协和医院消化内科是北京协和医院成立最早的专科之一，在国内外均很有影响，人才济济，临床和实验室技术实力雄厚，是一个高水平的消化病学、内镜学以及疑难重症的诊治中心。

这些医院在消化外科领域具有很高的学术地位和丰富的临床经验，建议根据具体需求和地理位置选择合适的医院进行就诊。