新农合（新型农村合作医疗制度）的报销比例根据就诊机构的不同而有所差异。具体而言：
- 门诊补偿 ：
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在村卫生室及村中心卫生室就诊，医疗费用可报销60%。
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在乡卫生院就诊，医疗费用可报销40%。
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在二级医院就诊，医疗费用可报销30%。
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在三级医院就诊，医疗费用可报销20%。
- 住院报销比例 ：
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在镇卫生院住院，医疗费用可报销60%。
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在县级医院住院，医疗费用可报销40%。
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在市级医院住院，医疗费用可报销30%。
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在省级医院住院，医疗费用可报销20%。
- 大病补偿 ：
- 对于参加新农合的住院病人，若一次性或全年累计的医疗费用超过5000元，将分段进行赔偿。具体而言，5001元至1万元的部分可补偿65%，10001元至1.8万元的部分可补偿70%。
关于二次报销，新农合的二次报销比例根据地区和医院等级不同略有差异。通常情况下，新农合患者在镇级医院住院治疗起付线为100元/人次，报销比例是合规费用的100%；市内县级定点二级医院住院治疗起付线600元/人次，报销比例为80%；市内市级定点二级医院住院治疗起付线1000元/人次，报销比例为70%；市内市级三级定点医院住院治疗起付线1800元/人次，报销比例为60%；省级三级定点医院住院治疗起付线3000元/人次，报销比例为55%；省级二级定点医院住院治疗起付线2000元/人次，报销比例为65%；市内定点民营医院报销比例比照市级二级定点医院报销比例下降5个百分点，在市内未定点医院报销比例比照市级定点医院报销比例下降10个百分点，起付线不变。
因此， 新农合一年住两次院，报销比例可能不同 ，具体报销比例取决于就诊医院等级、地区以及是否属于大病补偿范围等因素。建议咨询当地医保部门或相关医疗机构，以获取最准确的报销信息。
