新疆回族的姓氏主要有以下几种：
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马 ：这是回族中分布最广的姓氏，有“十个回回九个马”之说。根据1990年全国人口普查数据，马姓在回族中占66.92%，在宁夏昌吉、甘肃临夏、河北大厂、孟村、青海化隆和门原、甘肃张家川、新疆焉耆等地区的回族姓氏统计中，马姓占71.8%。
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撒 ：撒姓为“回族十三姓”之一，也是回族中的大姓。据安徽和县撒姓回族家谱载，撒氏始祖居西域，为回纥人，后为唐平叛，因其功被封斌王，以居关中。明建文元年，其后人撒仲谦一家由陕西迁往和县城西门响水沟一带居住。
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哈 ：哈姓源于突厥族，出自隋朝时期鲁密国商人哈申的后裔，属于汉化改姓为氏。
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沙 ：沙姓是回族的大姓，同时也是满族的姓氏。该姓大多取自经名首音和尾音。
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赛 ：赛姓也是“回族十三姓”之一。
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纳 ：纳姓取自赛典赤·赡思丁长子纳速喇丁名字首音。据《陕西通志》载，元朝初，贵族纳速喇丁“子孙甚多，分为纳、速、拉（喇）、丁四姓，居留各省”。
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速 ：速姓也是“回族十三姓”之一。
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忽 ：忽姓也是“回族十三姓”之一。
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闪 ：闪姓也是“回族十三姓”之一。
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保 ：保姓也是“回族十三姓”之一。
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木 ：木姓也是“回族十三姓”之一。
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苏 ：苏姓也是“回族十三姓”之一。
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郝 ：郝姓也是“回族十三姓”之一。
这些姓氏在回族中有着悠久的历史和深厚的文化底蕴，是回族文化的重要组成部分。