农村合作医疗跨市门诊的报销流程和比例如下：

1. 起付线和报销比例 ：

• 市级定点医院 ：起付线为500元，报销比例为65%。

• 乡镇卫生院 ：起付线为100元，报销比例为90%。

• 县级定点医院 ：起付线为200元，报销比例为82%。

• 省级定点医院 ：起付线为700元，报销比例为55%。

• 省外非定点医院 ：起付线为1000元，报销比例为45%。

2. 异地就医的门诊费用 ：

• 异地就医的门诊费用一般不能报销，但急诊费用可以报销。

3. 报销流程 ：

• 住院报销 ：

1. 患者或家属需在入院后5日内将住院通知传真到当地备案。

2. 携带患者身份证、新农合医疗证、病历复印件、住院结算单、住院费用清单、转诊备案手续到参合地经办机构报销。

• 异地门诊报销 ：

1. 患者或家属需电联参保地申请办理跨省报销。

2. 选择到各省指定的定点医院看病。

3. 携带患者身份证、户口簿、合作医疗证、入院证明、转诊单（或转诊短信）办理入院手续，出院时到新农合直接结报服务窗口结算。

4. 所需资料 ：

• 异地就医医院出具的出院小结、发票、用药明细表。

• 本人身份证、医保卡、单位出具的异地就医证明（需盖公司公章）。

• 本地医院出具的转院证明，需主治医师开证明，然后该主治医师的科主任签字，再到医院医保办公室办理转院证明。

5. 其他注意事项 ：

• 如果未办理转诊备案手续，住院时可拨打参保地医保经办机构电话办理临时外出就医备案登记，也可以在就医前由本人或代办人到参保地医保经办机构现场办理。

• 在已实现异地就医联网结算的地区，患者应当持卡（医保码）联网结算。如果因客观原因无法联网结算，符合医保支付范围的异地就医住院和门诊慢特病医疗费用，可向参保地医保经办机构申请零星报销。

建议：

• 在异地就医前，务必提前了解并办理好相关转诊备案手续，以确保能够顺利享受医保报销。

• 携带齐全所需的报销资料，以便在报销时能够快速、顺利地完成手续。