12366农村合作医疗缴费步骤如下：
- 通过微信缴费 ：
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打开手机微信，点击右下角【我】，点击【支付】，进入生活缴费，选择城市，再点击社保缴费即可。
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或者扫描广西税务12366公众号二维码或搜索“广西税务 12366”公众号并关注，点击左下角的“办一办 >> 社保费缴费”，然后按照提示操作。
- 通过支付宝缴费 ：
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在手机上打开“支付宝”应用，点击左下角方【城市服务】，选择需要处在的城市之后，在办事大厅栏中选择【医保】，选择【居民医保缴费】进入页面显示案例即可。
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或者支付宝搜索“社保缴费”，选择“城乡居民医保”，输入个人信息，确认金额并支付。
- 线下缴费 ：
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参保人员持《新型农村合作医疗证》和《户口簿》到指定的地点办理参合登记，然后前往乡镇新农合经办机构缴纳费用。
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可以到乡镇新农合办公室或政务服务中心，填写《参合登记表》并缴费。
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携带户口簿、身份证原件及复印件、《新农合医疗证》到村委会指定地点填写《参合登记表》，现场缴纳现金并获取财政专用收据。
- 通过手机APP缴费 ：
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进入全国社保局在线查询，选择地方官网进入并下载当地人社app，或者登录所在地区人力资源社会保障局官网，然后在官网首页扫码下载“xx地人社手机APP”。
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下载并安装到手机上后，点击“城乡居民医保缴费”选项，然后按照提示操作。
建议选择线上缴费方式，方便快捷。如果遇到操作问题，可以咨询当地社保局或通过12366税务热线获取帮助。