农村合作医疗和城乡居民基本保险的区别主要体现在以下几个方面：
- 覆盖范围 ：
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城乡居民基本保险 ：整合了原有的城镇居民医保和新农合，覆盖所有城乡居民，包括农村居民和城镇居民。
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新型农村合作医疗（新农合） ：仅覆盖农村户籍的居民。
- 参保人群 ：
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城乡居民基本保险 ：所有城乡居民都可以参加，没有户籍限制。
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新农合 ：仅限于拥有农村户口的居民。
- 统筹层次 ：
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城乡居民基本保险 ：统筹层次较高，通常为地市级统筹，可以在全市范围内选择定点医疗机构就医。
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新农合 ：统筹层次较低，一般为县级统筹，就医时可能需要逐级转诊。
- 报销比例 ：
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城乡居民基本保险 ：报销比例相对较高，一般在50%左右，且在大医院的报销比例较高。
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新农合 ：报销比例相对较低，在三甲医院的报销比例大约只有30%左右，且在市级医院的报销比例比城镇医保低10%-20%。
- 管理管理部门 ：
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城乡居民基本保险 ：主要由人社部门管理。
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新农合 ：多数地方由卫生部门管理。
- 保障待遇 ：
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城乡居民基本保险 ：保障待遇较为全面，包括住院、门诊大病和普通门诊，且住院及门诊大病待遇高于新农合。
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新农合 ：门诊待遇水平总体要高于城镇居民医保，但住院及门诊大病待遇相对较低。
综上所述，城乡居民基本保险和新农合在覆盖范围、参保人群、统筹层次和报销比例等方面存在明显差异。城乡居民基本保险覆盖面广，报销比例高，适用于所有城乡居民；而新农合主要针对农村居民，报销比例较低，统筹层次也较低。建议根据个人户籍和实际情况选择合适的医疗保险制度。
