在职职工社保和新农合（新型农村合作医疗保险）之间存在以下主要区别：
- 缴费标准 ：
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在职职工社保 ：由用人单位和职工共同承担，按照规定的缴费基数和比例按月缴纳。缴费金额通常较高，但覆盖面广，包括医疗保险、养老保险、生育保险、失业保险和工伤保险。
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新农合 ：由个人、集体和政府多方筹资，按年缴纳，缴费金额相对较低，一般在每年350元左右。主要覆盖农村居民，尤其是老年人、儿童等群体。
- 使用范围 ：
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在职职工社保 ：可以用于挂号、看病就医、药店买药、住院治疗报销等，报销比例较高，通常在70%至90%之间，且没有起付线或起付线较低。
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新农合 ：主要用于住院报销，少部分城市看病就诊也能报销。报销比例相对较低，一般在50%至70%之间，异地报销比例可能更低，仅为30%至40%。
- 参保范围 ：
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在职职工社保 ：只要有正式的工作或在城镇居住，都可以参加。适合所有在职职工和灵活就业人员。
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新农合 ：只有农村户口的居民才可以参加，适合农村居民。
- 参保年限 ：
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在职职工社保 ：医疗保险男性参保年限为25年，女性为20年；养老保险需要连续缴纳满15年；失业保险缴费满1年以上，才能享受保险待遇。缴费满规定年限后可以终身享受医保待遇。
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新农合 ：需要每年缴纳一次费用，没有明确的参保年限要求，但需要终身缴费才能享受医保待遇。
- 报销比例和起付线 ：
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在职职工社保 ：报销比例较高，起付线较低，通常门诊自费超过2000元、住院自费超过2000元后开始报销。
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新农合 ：报销比例相对较低，起付线较高，一般住院报销300元起，不同医院有差别，市级医院可能需要自费超过600元才开始报销。
- 其他待遇 ：
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在职职工社保 ：除了医疗保险外，还包括养老保险、生育保险、失业保险和工伤保险，待遇较为全面。
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新农合 ：主要提供医疗保险，没有其他附加的保险待遇。
建议
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有正式工作的职工 ：建议尽量参加在职职工社保，因为其待遇更好，且缴费满一定年限后可以终身享受医保待遇。
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农村居民 ：建议参加新农合，虽然报销比例较低，但至少能提供一定的医疗保障。
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灵活就业人员 ：可以选择参加灵活就业职工社保，自己缴纳部分费用，享受医疗保险和养老保险的保障。
通过以上分析，可以看出在职职工社保和新农合在缴费标准、使用范围、参保范围、参保年限、报销比例和起付线等方面存在明显差异。根据个人实际情况和需求，选择适合的保险类型是非常重要的。