公司要求停交农村医保的原因主要有以下几点：
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避免重复缴费 ：农村合作医疗保险（新农合）和社会保险中的医疗保险存在冲突，不能同时享受这两项待遇。因此，建议注销掉农村合作医疗保险，只参加职工医疗保险，以简化手续并确保医保待遇。
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职工医保保障水平更高 ：职工医保的保障水平通常高于农村医疗保险。在报销比例、报销范围以及医保待遇等方面，职工医保具有明显优势。例如，职工医保在住院费用报销比例上往往能达到70% - 90%甚至更高，而农村医疗保险可能在50% - 70%左右。此外，职工医保还有个人账户，可以用于支付门诊费用和在定点药店购药。
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经济压力 ：农村医保缴费逐年上涨，对于许多收入较低的农村居民来说，这笔费用成为了一笔不小的支出。经济压力是导致农村医保断缴的首要因素。例如，2016 - 2023年个人缴费水平从10元涨到现在最低380元，部分地区更高。对于以种植粮食作物为主要收入来源的农民来说，这笔费用是笔不小的开支。
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医保意识欠缺 ：在经济欠发达地区，医疗资源与信息匮乏，农民对医保认识不足，不知道医保能在保障健康权益方面发挥重要作用。部分农民存在医保效益疑虑，认为缴纳的保费可能浪费，而且即使有医保报销，最终支出与无医保相差不大，从而质疑医保价值。
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思想观念保守 ：农村地区传统思想观念下，对医保等现代社会保障制度接受度不高，认为自己是小病能扛就扛，没必要花这个钱参保。
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缴费压力 ：如果职工医保缴费压力较大，或者工作不稳定，可能存在断缴风险，而农村医疗保险按年度缴费，相对稳定。在这种情况下，员工可能会选择停止缴纳农村医疗保险的费用，以避免重复缴费。
综上所述，公司要求停交农村医保的原因主要是为了避免重复缴费、享受更高的医保保障水平、减轻经济压力、提高医保意识、改变保守的思想观念以及应对职工医保的缴费压力。建议员工在了解这些原因后，根据自己的实际情况和需求，做出合理的决策。