合作医疗保险（新农合）重复交费是可以退款的。根据相关规定和流程，如果参保人因重复缴费需要退费，应按照以下步骤操作：
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提供参保证明 ：首先，参保人需要提供参保地医保局开具的参保证明，以证明其已经参加了合作医疗。
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提交退费申请 ：参保人需至医保所居民医保窗口提出申请，并填写《城镇居民基本医疗保险退保申请表》。
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审核退保资格 ：经办人员会核对参保人基本信息，审核退保资格。符合条件的，将给予医保退保，并出具《城镇居民基本医疗保险退款通知单》。
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办理退费手续 ：参保人凭《退款通知单》至财务结算窗口办理医保退费手续。
需要注意的是，退费申请需要在相应待遇享受期未开始前提出，过期可能无法办理。同时，提供的证明材料需真实有效，否则可能影响退费申请的审批。
此外，如果参保人在居民医保缴费后，在相应待遇享受期未开始前因重复缴费、参加职工医保或其他统筹地区居民医保，可在终止相关居民医保关系的同时，申请为个人办理退费。
综上所述，合作医疗保险重复交费是可以退款的，但需要按照规定的流程和提供必要的证明材料进行申请。建议参保人在遇到重复缴费情况时，及时咨询当地医保部门，了解具体的退费流程和所需材料。