职工医疗与农村合作医疗的区别主要体现在以下几个方面：
- 覆盖对象不同 ：
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职工医疗保险主要针对城镇的用人单位及其职工。
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农村合作医疗（新农合）则是为农村户口的居民提供的。
- 缴费主体有别 ：
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职工医疗保险的缴费由用人单位和职工共同承担。
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新农合的资金则来自个人、集体和政府的多方筹资。
- 报销比例和范围不同 ：
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新农合在农村乡镇医院的报销比例较高，而职工医保在定点医院的报销比例最高，非定点医院的报销比例较低。
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职工医保的报销范围通常包括基本医疗、门诊特定病种、住院医疗等，且报销比例相对较高，随着缴费基数和年限的增加，保障水平也会有所提升。
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新农合一般报销住院医疗费，门诊报销、住院补偿以及大病保险等，但报销比例相对较低。
- 管理机构不同 ：
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职工医疗保险一般由社会保险行政部门管理。
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农村合作医疗保险则可能由当地的卫生行政部门或者农村合作经济组织管理。
- 服务网络建设 ：
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职工医疗保险通常拥有更完善的服务网络，包括各类大中型医院。
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农村合作医疗保险则侧重于基层医疗卫生服务，如乡镇卫生院和村卫生室。
- 缴费方式和年限 ：
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职工医疗保险需要缴纳时间达到一定的年限（一般需要连续缴纳六个月），用户才可享受报销待遇。
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新农合是农民自愿参加，需要每年办理参保缴费手续。
- 其他差异 ：
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职工医疗保险的缴费额度根据职工工资不同略有差别，且用人单位为员工缴纳医疗保险是法律规定的义务。
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新农合的缴费标准较低，通常根据地区经济条件划分，部分地区可能更高。
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职工医疗保险的报销限额较高，一般一年能报几十万甚至更高。
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新农合的报销限额相对较低，一般也就十几万左右。
综上所述，职工医疗保险和农村合作医疗在覆盖对象、缴费主体、报销比例和范围、管理机构、服务网络建设、缴费方式和年限等方面存在明显差异。职工医疗保险更适合城镇职工，报销比例和范围较高；而农村合作医疗则主要面向农村居民，缴费较低，报销比例也相对较低。建议根据自身情况选择合适的医疗保险。