医疗保险和合作医疗的主要区别体现在以下几个方面：
- 覆盖对象 ：
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医疗保险 ：覆盖城镇所有用人单位及其职工，包括国有企业、集体企业、外商投资企业、私营企业等，以及机关、事业单位、社会团体、民办非企业单位等。此外，还需办理职工医保。
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合作医疗 （新型农村合作医疗）：仅覆盖农村户口的人群，且必须以家庭为单位整户参加。
- 缴费主体 ：
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医疗保险 ：由劳动者和用人单位共同缴纳，用人单位缴费率控制在职工工资总额的6%左右，职工缴费率一般为本人工资收入的2%。
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合作医疗 ：由农民个人、集体和政府三方面筹资，农民个人每年缴费，集体和政府可能提供资助。
- 缴费方式 ：
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医疗保险 ：用人单位和职工共同缴纳，缴费标准有每年100元、200元、300元、400元、500元等，具体标准根据地方情况设定。
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合作医疗 ：农民自愿参加，缴费标准较低，一般按年度缴纳，不同地区标准有所不同，目前农村合作医疗保险缴费低于10元。
- 待遇 ：
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医疗保险 ：参保者拥有个人账户，定期划入费用，报销比例较高，且累计交满一定年限后，退休后可免费享受医保待遇。
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合作医疗 ：没有个人账户，报销比例相对较低，且一年一参合，当年享受报销，报销限额较低。
- 系统管理 ：
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医疗保险 ：属于社保系统管理，筹资水平和报销比例较为统一。
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合作医疗 ：由卫生局业务管理，筹资水平和报销比例因地区而异。
综上所述，医疗保险和合作医疗在覆盖对象、缴费主体、缴费方式、待遇及系统管理等方面均有显著不同。建议根据个人所在地区和身份选择合适的医疗保险类型，以获得更全面的医疗保障。