农村合作医疗（新农合）与单位所交的社保（通常指职工基本医疗保险）之间不存在冲突，可以同时存在，但一个人只能享受一种医疗保险待遇 。以下是相关信息的整理：
- 法律和政策依据 ：
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根据《中华人民共和国社会保险法》第二十三条，职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。
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《中华人民共和国城镇职工基本医疗保险条例》第七条规定，基本医疗保险费由用人单位和从业人员共同缴纳。
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国家规定不得重复参保和享受待遇，即如果员工已经参加了新农合，那么在参加职工医保时，需要先退出新农合。
- 实际操作 ：
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农村合作医疗和社保医疗在保障范围和待遇享受上存在重叠，因此一般情况下，两种保险不可以重复交。
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如果同时缴纳了新农合和职工医保，在报销时只能选择其中一种进行报销，且医院只会出具一张发票，无法同时提供两份原件。
- 建议 ：
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由于一个人只能拥有一个社保账户和一个医保账户，建议选择参加职工基本医疗保险，并退出新农合，以避免重复缴费和报销问题。
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如果因特殊情况需要同时参加两种保险，建议咨询当地社保部门或相关机构，了解具体政策和操作流程。
综上所述，农村合作医疗不会影响单位交社保，但一个人只能享受一种医疗保险待遇。建议选择参加职工基本医疗保险，并退出新农合，以确保顺利享受医疗保险待遇。