农合医保（新型农村合作医疗）与城镇医保（城镇居民基本医疗保险）的主要区别体现在以下几个方面：
- 参保对象 ：
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农合医保 ：主要针对具有农村户籍的居民，是农民自愿参加的医疗保险制度，以大病统筹为主。
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城镇医保 ：主要针对没有参加城镇职工医疗保险的城镇户口居民，包括未成年人和无工作的居民。
- 缴费主体 ：
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农合医保 ：缴费主体包括农民个人、集体和政府，实行多方筹资。
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城镇医保 ：缴费方式为个人和政府共同承担，其中个人部分由个人缴纳，政府部分由财政补贴。
- 报销比例与范围 ：
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城镇医保 ：报销比例通常为85%，覆盖门诊、住院以及指定药店购买药品的费用，保障范围较广。
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农合医保 ：报销比例根据医院等级不同有所变化，范围在10%-80%之间，主要集中在住院费用上，尽管在农村乡镇医院的报销比例通常较高，但总体上报销比例和封顶金额比城镇医保低。
- 管理部门 ：
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城镇医保 ：主要由人力资源和社会保障部门（人社部门）管理。
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农合医保 ：在多数地方由卫生部门管理。
- 保障待遇侧重点 ：
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城镇医保 ：主要保障住院和门诊大病，同时兼顾普通门诊，因此其住院及门诊大病待遇通常高于农合医保。
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农合医保 ：门诊待遇水平总体上要高于城镇医保，特别是在乡镇医院，其报销比例较高，有助于农民在当地获得及时有效的医疗服务。
- 参保年限及退休政策 ：
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城镇医保 ：累计缴费满一定年限后，退休后免缴享终身。
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农合医保 ：通常需要每年缴纳，未明确提及退休后的免缴政策。
- 其他差异 ：
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就医和报销流程 ：由于以前是两套系统运行，两个机构来管理，导致就医、报销等有一定的差别。整合后实行一样的参保政策、一样的报销待遇、一样报销流程。
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基金管理 ：整合后，医保基金主要用来保障城乡居民的门诊和住院费用，报销水平逐步提高到75%左右，实行统一的医保目录和定点管理。
综上所述，农合医保与城镇医保在参保对象、缴费主体、报销比例与范围、管理部门、保障待遇侧重点、参保年限及退休政策等方面存在显著差异。随着政策的整合，两者的差异正在逐步缩小，但仍有各自的特点和适用范围。
