农村合作医疗的等待期是指参保人员需要等待一段时间才能享受医保待遇。在等待期内发生的医疗费用通常 不能报销 ，需要参保人自己承担。等待期的具体时长根据当地政策规定而定，可能是几天、几个月甚至更长。

1. 补交后等待期 ：如果是在补交合作医疗后住院，需要等待一段时间（通常为1个月）才能享受报销待遇。在等待期内发生的医疗费用无法报销。

2. 缴费后生效期 ：一般情况下，新型农村合作医疗的报销时间是当年之内，如果花费的医疗费用跨年度的，则一般不超过一季度。具体的生效日期和报销期限根据各地的相关规定来确定。

3. 急诊和抢救情况 ：如果在等待期内发生的是因急诊、抢救等紧急情况而产生的医疗费用，且符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准等规定，那么有可能按照相关规定进行报销。但具体情况还需根据当地的医疗保险政策和具体条款来确定。

4. 异地结算 ：对于异地结算的情况，一般要在3个月之内完成结算。如果超过规定限制时间，是不予报销的。

综上所述，农村合作医疗在等待期内发生的医疗费用通常不能报销，建议参保人员在等待期过后再办理报销手续，以确保能够顺利享受医保待遇。同时，建议咨询当地相关机构，了解具体的政策规定和操作流程。