公司交的医疗保险和农村合作医疗（新农合）有以下主要区别：
- 投保对象不同 ：
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公司医疗保险 ：为用人单位在职职工提供的医疗保障，适用于参加工作的劳动者。
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农村合作医疗 ：参保对象主要是当地村民，适用于未参加工作的农村户口人员。
- 缴费人不同 ：
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公司医疗保险 ：由用人单位和职工共同缴纳医疗保险费。
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农村合作医疗 ：由政府组织、农民自愿参加，个人、集体和政府共同出资。
- 支付方式不同 ：
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公司医疗保险 ：用户需缴纳一定年限（一般为连续六个月）后，方可享受报销待遇。
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农村合作医疗 ：农民每年都需要办理参保和缴费手续，每年缴纳一次。
- 报销比例不同 ：
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公司医疗保险 ：在定点医院就医的报销率最高，市级以上医院报销比例相对较小。
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农村合作医疗 ：农村乡镇卫生院新农合报销比例最高，市级以上医院报销比例相对较小。
- 保障范围不同 ：
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公司医疗保险 ：除了提供医疗保险外，通常还包括养老保险、失业保险、生育保险和工伤保险等，构成更为全面的社会保障体系。
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农村合作医疗 ：主要侧重于医疗保险，保障范围相对较窄。
- 稳定性与长期保障 ：
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公司医疗保险 ：与用人单位紧密关联，保障相对稳定，缴纳达到一定年限后，退休人员还可以享受终身医保待遇。
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农村合作医疗 ：没有退休政策，需要终生缴费。
- 针对人群与适用性 ：
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公司医疗保险 ：主要针对在职职工和灵活就业人员，不限户籍。
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农村合作医疗 ：主要针对农村户口的人群，特别是没有在城镇务工的农民。
建议
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参加哪种医保 ：如果已经在公司工作，建议参加公司医疗保险，因为其保障范围更广，报销比例较高，且有长期保障。如果未参加公司工作且为农村户口，建议参加农村合作医疗，以获得基本的医疗保障。
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避免重复参保 ：根据法律规定，一个人不能同时参加两种同样性质的医疗保险，因此要选择其中一种进行参保。