农村合作医疗和五险一金的主要区别体现在以下几个方面：
- 保障范围 ：
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五险一金 ：包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险，以及住房公积金。这是一个综合性的保障体系，旨在为劳动者提供全面的保障。
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农村合作医疗 ：主要提供医疗保险，是政府组织、引导、支持的农民医疗互助共济制度，以大病统筹为主。
- 参保对象 ：
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五险一金 ：主要针对企、事业单位职工。
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农村合作医疗 ：面向年满16周岁（不含在校学生）、未参加其他社会养老保险的城乡居民，特别是农村户口人员。
- 性质与强制性 ：
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五险一金 ：具有强制性，用人单位和劳动者建立劳动关系必须购买社保。
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农村合作医疗 ：属于自愿参加。
- 缴费标准与方式 ：
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五险一金 ：缴费标准较高，由用人单位和参保人共同缴纳，其中养老保险、医疗保险和失业保险由企业和个人共同缴纳，工伤保险和生育保险完全由企业承担。
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农村合作医疗 ：缴费相对较低，个人缴费标准按照国家规定设定，政府给予一定金额补贴。
- 待遇标准 ：
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五险一金 ：待遇包括养老保险、医疗保险、生育保险、失业保险、工伤保险和住房公积金，待遇水平相对较高。
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农村合作医疗 ：待遇主要包括养老保险和医疗保险，待遇水平较低，且报销比例较少。
- 保障期限 ：
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五险一金 ：医疗保险需连续缴费满至少15年方可享受终身医保待遇。
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农村合作医疗 ：保障期限通常为一年，交一年保一年。
综上所述，农村合作医疗和五险一金在保障范围、参保对象、性质与强制性、缴费标准与方式、待遇标准以及保障期限等方面存在显著差异。建议根据自身情况选择合适的保险制度，以获得更全面的保障。