公司医疗和农村合作医疗的主要区别如下：
- 适用范围 ：
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公司医疗（职工基本医疗保险） ：适用于参加工作的劳动者，由用人单位和个人共同缴纳医疗保险费。
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农村合作医疗（新农合） ：适用于农村人员，特别是未参加工作的农村户口居民，由政府组织、农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资。
- 缴费主体 ：
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公司医疗 ：由用人单位和社会成员个人共同缴纳医疗保险费。
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农村合作医疗 ：由政府组织，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资。
- 参保对象 ：
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公司医疗 ：为用人单位在职职工提供的医疗保障。
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农村合作医疗 ：主要为当地村民提供医疗保障。
- 缴费方式 ：
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公司医疗 ：在岗职工每月在工资中扣缴，灵活就业人员按年缴纳。
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农村合作医疗 ：农民每年自愿参保和缴费，一年一交。
- 报销比例 ：
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公司医疗 ：在定点医院就医的报销率较高，市级以上医院报销率相对较低。
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农村合作医疗 ：农村乡镇卫生院报销比例最高，市级以上医院报销比例相对较小。
- 保障期限 ：
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公司医疗 ：参保人员完成缴费年限后可以终身享受医疗保险待遇。
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农村合作医疗 ：交一年保一年，不累计缴费年限。
- 其他区别 ：
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公司医疗 ：可以建立个人账户，每月有余额进入个人账户。
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农村合作医疗 ：一般不能建立个人账户，即使有费用进入个人账户，金额也较少。
综上所述，公司医疗和农村合作医疗在适用范围、缴费主体、参保对象、缴费方式、报销比例、保障期限等方面存在明显差异。建议根据个人实际情况和需求选择合适的医疗保险类型。