医保卡和合作医疗的主要区别体现在以下几个方面：
- 覆盖对象 ：
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医保卡 ：主要面向城镇职工，包括国有企业、集体企业、外商投资企业、私营企业等单位的职工，以及机关、事业单位、社会团体、民办非企业单位的职工等。
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合作医疗 （新型农村合作医疗）：主要面向农民，且需以家庭为单位整户参加。
- 缴费方式 ：
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医保卡 ：由用人单位和个人共同缴纳，缴费额度根据职工工资不同略有差别，且用人单位为员工缴纳医疗保险是法律规定的义务。
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合作医疗 ：农民自愿参加，每年集中缴费，缴费标准较低，通常根据地区经济条件划分，部分地区可能更高。
- 待遇差异 ：
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医保卡 ：参保人除享受个人账户费用门诊包干外，还可享受住院医疗、大病补助以及特殊病种医疗费用的包干待遇，保障更为全面。
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合作医疗 ：费用补助在不同级别医疗机构有所不同，报销比例相对于职工医保来说要低一些，限额较低。
- 参保年限 ：
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医保卡 ：通常每月一缴，断缴次月起医疗无法报销，参保累计满15年，退休后可每月领养老金，参保男性满25年，女性满20年，退休后仍可享受医疗报销待遇。
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合作医疗 ：没有明确的参保年限要求，但需要每年办理参保缴费手续。
- 其他区别 ：
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医保卡 ：是医疗保险个人账户专用卡，储存记载着个人身份证号码、姓名、性别以及账户金的拨付、消费情况等详细资料信息。
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合作医疗 ：没有个人账户，所有医疗费用的补助都是一年一参合，当年享受报销。
综上所述，医保卡和合作医疗在覆盖对象、缴费方式、待遇和参保年限等方面存在明显的差异。建议根据个人身份和所在地区的具体情况选择合适的医疗保险制度。