新农合和灵活就业医保的主要区别体现在以下几个方面：
- 参保对象 ：
-
新农合 ：主要针对农村户籍居民及流动人口，由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。
-
灵活就业医保 ：主要针对未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员，以及其他就业人员和个体工商户等。
- 保障范围 ：
-
灵活就业医保 ：涵盖基本医疗保险、工伤保险、生育保险和失业保险等多个方面。
-
新农合 ：主要提供基本医疗保险和大病保险。
- 缴费标准 ：
-
灵活就业医保 ：缴费标准相对较低，通常按照收入的一定比例确定，例如北京市为月收入的1.5%。
-
新农合 ：缴费标准也相对较低，一般按照收入的一定比例或固定金额缴纳，例如北京市为月收入的3%。
- 报销比例 ：
-
灵活就业医保 ：报销比例较高，一般在70%—90%之间。
-
新农合 ：报销比例较低，一般在50%—70%之间，且在不同地区有所差异。
- 参保期限 ：
-
灵活就业医保 ：参保期限灵活，可根据需求选择不同时间段。
-
新农合 ：参保期限较为固定，通常按年度计算。
- 使用范围 ：
-
灵活就业医保 ：可以用于挂号、看病就医、药店买药、住院治疗报销等。
-
新农合 ：目前在多个城市只有住院才能报销，少部分城市看病就诊也可以报销。
- 账户设置 ：
-
灵活就业医保 ：有个人账户，账户里的钱可以用于看病买药，还能给家人用。
-
新农合 ：没有个人账户。
- 缴费年限 ：
-
灵活就业医保 ：满足条件后可以终身享受医保报销的比例，例如交够25年（男）或20年（女）。
-
新农合 ：需要一直交下去，没有交费年限，只有交费后才能享受报销。
总结：
新农合和灵活就业医保在参保对象、保障范围、缴费标准、报销比例、参保期限、使用范围、账户设置和缴费年限等方面存在显著差异。灵活就业医保适合未参加职工医保的灵活就业人员，保障范围广，报销比例高，且有个人账户；而新农合主要针对农村居民，保障范围相对较窄，报销比例较低，且需要持续缴费。建议根据个人实际情况选择合适的医保制度。