城市居民医保和新农合医保的主要区别如下：
- 参保对象 ：
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城市居民医保 ：主要覆盖没有参加城镇职工医疗保险的城镇居民，包括城镇户籍的居民。
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新农合医保 ：主要覆盖农村居民，必须以家庭为单位整户参加。
- 缴费标准 ：
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城市居民医保 ：缴费标准通常与个人工资和当地平均工资挂钩，且每年缴费金额固定。
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新农合医保 ：缴费金额每年固定，由农民个人缴纳，政府也会提供一定的补助。
- 报销比例 ：
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城市居民医保 ：在三甲医院的报销比例通常在50%左右，通过逐级转院可达70%。
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新农合医保 ：在三甲医院的报销比例较低，通常为30%，但在乡镇卫生院的报销比例较高，可达70%以上。
- 保障待遇 ：
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城市居民医保 ：主要保障住院和门诊大病，同时兼顾普通门诊，住院及门诊大病待遇较高。
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新农合医保 ：主要保障门诊和住院费用，报销比例和范围逐渐向城市居民医保靠拢，但总体保障待遇低于城市居民医保。
- 管理部门 ：
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城市居民医保 ：主要由人社部门管理。
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新农合医保 ：多数地方由卫生部门管理。
- 药品目录 ：
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城市居民医保 ：可报销的药品目录较广。
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新农合医保 ：可报销的药品目录相对较少。
- 参保年限 ：
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城市居民医保 ：需要累计缴费满15年，退休后每月可领取养老金，且享受终身医疗报销待遇。
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新农合医保 ：每年一交，只保障一年。
综上所述，城市居民医保和新农合医保在参保对象、缴费标准、报销比例、保障待遇、管理部门、药品目录和参保年限等方面存在明显差异。为了提高医疗保障的公平性和效率，许多地区已经开始将新农合和城镇居民医保整合为统一的城乡居民医疗保险制度。