交了灵活就业医保后， 一般不可以 再单独交农合。因为灵活就业社保中已经包括了基本医疗保险，与农村合作医疗保险（新农合）存在冲突，两者不能同时享受。具体原因如下：
- 法律规定 ：
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《社会保险法》规定，中华人民共和国境内的用人单位和个人依法缴纳社会保险费，有权查询缴费记录，要求社会保险经办机构提供社会保险咨询等相关服务。
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职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。
- 保险性质 ：
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灵活就业社保中的基本医疗保险与农村合作医疗保险在性质上存在重叠，不能同时享受双重报销待遇。
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职工基本医疗保险费由用人单位与劳动者共同缴纳。劳动者灵活就业的，可以自己向社会保险费征收机构缴纳社会保险费，但只能缴纳职工基本养老保险费和职工基本医疗保险费。
- 实际操作 ：
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如果已经缴纳了灵活就业社保，则不需要再缴纳农村合作医疗保险费。
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如果要转为新农合，需要凭身份证到村委会或居委会办理保险登记，但需要注意的是，职工医疗保险和新型农村合作医疗属于社会保险，建立城镇农民工医疗保险和新型农村合作医疗制度，双方不得同时参加保险和报销。
综上所述，交了灵活就业医保后，一般不可以再单独交农合，因为两者在性质上存在重叠，不能同时享受双重报销待遇。如果确实需要转换，建议咨询当地社保部门或相关机构，了解具体的政策和操作流程。