新冠疫苗接种记录消失可能有以下几种原因：

1. 系统延迟 ：由于新冠疫苗接种数据统计庞大，系统更新普及需要一定时间，因此可能会出现延迟，导致在网上查不到接种记录。建议先等待一段时间再进行查询。

2. 小程序调整 ：有时候，查询新冠疫苗接种记录的小程序可能正在进行调整，官方回复称接种新冠疫苗后各单位会将接种信息归集并传输进入查询系统，这也需要一定时间。如果急需接种证明，建议可以到接种单位开具接种证明。

3. 数据重复 ：如果之前能查询到接种信息，而现在突然查不到了，可能是由于自己的新冠接种个案和曾经的接种个案重复了，在数据合并的时候就可能将新冠疫苗接种信息覆盖掉。这种情况下，可以联系当地疫苗接种单位核实并恢复。

4. 网络问题 ：查询新冠疫苗接种记录需要网络信号，如果当时手机信号不好，也会显示不出来。一般需要重启刷新。

5. 查询平台问题 ：如果新型冠状病毒疫苗接种记录的平台正在做调整，此时可能不会显示接种人的记录，需要耐心等，平台调整完毕以后即可查询。

6. 个人信息错误 ：如果未将接种数据及时、准确上传至相关系统，或者上传的数据存在错误（如姓名、性别、身份证件号错误），均会导致本人的健康码未显示新的接种记录。

7. 健康码问题 ：有时候，健康码未显示新冠疫苗接种信息，可能是因为个人的新冠接种个案与曾经接种的个案有重复，而经过数据合并查重之后，就会将一方的接种个案信息覆盖。此时可以联系接种单位进行核实恢复。

综上所述，新冠疫苗接种记录消失可能是由于系统延迟、小程序调整、数据重复、网络问题、查询平台问题、个人信息错误或健康码问题等多种原因导致的。建议根据具体情况进行排查，并在必要时联系当地疫苗接种单位或相关平台进行咨询和核实。