新农合（新型农村合作医疗保险）与五险一金中的医疗保险存在冲突，具体表现如下：
- 覆盖范围 ：
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新农合 ：主要针对拥有农村户口的人，提供基本的医疗保障。
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五险一金 ：覆盖所有劳动者，包括城镇居民和农村居民（在城镇就业的农村居民应参加职工社保），并提供包括医疗、养老、工伤、失业和生育在内的全方位保障。
- 缴费方式 ：
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新农合 ：国家补贴一部分，农民朋友自行再缴纳一部分，缴纳年限是十五年，并且需要在当年缴纳，次年才能够享受。
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五险一金 ：由用人单位缴纳一部分，个人再自行缴纳一部分，缴费年限较长，男性二十五年，女性二十年。
- 报销比例和待遇 ：
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新农合 ：缴费较低，报销比例和福利相对较少。
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五险一金 ：缴费档次较高，报销比例和福利相对较多，且退休后只要符合缴纳年限，不需要继续缴费也能享受待遇。
- 法律规定 ：
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重复参保不冲突 ：虽然新农合和五险中的医疗保险不能同时参加，但两者属于不同职能部门管理，因此可以同时购买，但在报销时只能享受其中一种，不能同时报销。
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需选择其一 ：如果员工已经参加了新农合，那么在参加职工医保时，需要先退出新农合。
综上所述，新农合和五险一金中的医疗保险存在冲突，不能同时参加和报销。建议根据个人实际情况和需求，选择其中一种医疗保障方式。