社保医疗与农村合作医疗的区别主要体现在以下几个方面：
- 参保对象 ：
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社保医疗 ：主要针对在职职工或城镇居民，是用人单位和个人共同缴纳的医疗保险基金，具有强制性。
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农村合作医疗 ：主要针对农村户口的农村居民，采取自愿参加的原则，通常以家庭为单位整户参加。
- 缴费方式 ：
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社保医疗 ：用人单位和职工共同缴纳，用人单位缴费率控制在职工工资总额的6%左右，职工缴费率一般为本人工资收入的2%。
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农村合作医疗 ：农民个人每年缴费，缴费标准各地不同，通常在10元至500元之间，国家会给予一定的补贴。
- 保障期限 ：
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社保医疗 ：要求持续缴纳最少15年才可以享受终身医保待遇。
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农村合作医疗 ：交一年保一年，次年需重新缴费才能继续享受保障。
- 报销比例 ：
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社保医疗 ：报销比例较高，政策范围内住院费用报销比例达80%以上。
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农村合作医疗 ：报销比例较低，县内一级医院报销60%，二级医院50%，县外医院40%。
- 保障力度 ：
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社保医疗 ：实行“低水平、广覆盖”的特点，一经参保，标准都是统一享受的。
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农村合作医疗 ：由于基金筹措有限，保障力度相对较低。
- 管理方式 ：
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社保医疗 ：属于社保系统管理，有个人医保账户，可以在各个区域方便报销。
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农村合作医疗 ：由卫生局业务管理，没有个人医保账户，报销通常需要先到医保部门备案。
综上所述，社保医疗与农村合作医疗在参保对象、缴费方式、保障期限、报销比例、保障力度和管理方式等方面存在显著差异。建议根据自身情况选择合适的医疗保险制度，以确保获得充分的医疗保障。