特殊门诊是否可以在异地申请办理，需分情况讨论，具体如下：
跨省异地就医
备案要求：参保人员跨省异地就医前，需办理跨省异地就医备案。备案手续可通过国家医保服务平台APP、国家异地就医备案小程序或参保区经办机构窗口等多种途径办理。
病种认定：参保人需按照参保地规定完成医保门诊慢特病待遇认定。目前，全国所有医保统筹地区作为就医地均能提供10种门诊慢特病相关治疗费用跨省医保直接结算服务，包括高血压、糖尿病、恶性肿瘤门诊放化疗、尿毒症透析、器官移植术后抗排异治疗、慢性阻塞性肺疾病、类风湿关节炎、冠心病、病毒性肝炎、强直性脊柱炎。
就医结算：备案成功且完成病种认定后，参保人员在本人备案成功的异地统筹区内已开通跨省异地就医直接结算业务的定点医药机构就医、购药等，可持医保电子凭证或社会保障卡直接结算费用。
省内异地就医
备案要求：一般需要在参保地进行备案，部分地区可能允许通过线上平台或电话等方式办理备案手续。
病种认定：在就医地进行认定，认定结果省内各地区互认。例如，四川省内异地就医人员可在就医地进行门诊慢特病认定，认定结果在省内各地区均有效。
就医结算：备案成功且完成病种认定后，参保人员在就医地已开通省内异地就医直接结算业务的定点医疗机构就医时，可持医保卡等相关证件直接结算费用。
综上所述，特殊门诊在异地申请办理需先在参保地完成备案和病种认定手续，然后在就医地选择定点医疗机构进行就医和结算。具体政策和流程可能因地区而异，建议咨询当地医保部门或通过国家医保服务平台APP等渠道获取详细信息。
